Con motivo de la crisis de los años ochenta, la Marina Mercante de nuestro país llegó a un fuerte rezago en varias de sus áreas fundamentales y la calidad y productividad de de los servicios era inferior a los estándares internacionales. El equipamiento y las instalaciones mostraban también atrasos importantes. Existía un bajo dinamismo en los volúmenes transportados vía marítima en relación con el tamaño de la economía y había una gran dispersión de las inversiones en un elevado número de puertos, lo cual se reflejaba en un bajo índice de la utilización de la capacidad instalada, al tiempo que existían puertos cercanos al grado de saturación.

A su vez, la construcción y administración de puertos estaba a cargo exclusivo del Gobierno Federal y la prestación de los servicios se encontraba monopolizada por empresas gubernamentales donde existían fuertes conflictos laborales, asociadas a la existencia de un único sindicato por puerto. Los precios y tarifas eran fijados centralmente y de manera uniforme para todos los puertos y la participación del capital privado era prácticamente simbólica y cuando existía, se limitaba a terminales de uso particular.

Ante ello se hacia necesaria la descentralización para lograr mayor autonomía, para permitir un desarrollo sostenido en cada puerto, buscando mayor eficacia y menor burocracia, a la vez de promover la participación de la iniciativa privada y el mejoramiento de la prestación de servicios.

Durante 1993 y 1994 se estableció un nuevo régimen jurídico con la expedición de las leyes antes descritas a la vez que se definió el modelo de organización institucional y se fortaleció la autoridad marítimo - portuaria.

El nuevo modelo de organización se apoya en una base que conforma el sector privado, mediante operadores y prestadores de servicios en terminales e instalaciones especializadas, como servicios de maniobras, dragado, pilotaje, servicios de báscula y locomotora, remolque, lanchaje, avituallamiento, amarre de cabos, suministro de combustible, etc.

En el centro de la pirámide se encuentran las Administradoras Portuarias Integrales las que se encargan principalmente de la administración, mantenimiento y expansión (inversión), planeación estratégica del puerto, promoción de la inversión privada y del fomento de la competencia dentro de los puertos

La parte superior está constituida por el Gobierno Federal, que ejerce funciones de autoridad, políticas, propiedad del recinto portuario y de regulación.

Así en 1994 se inició la constitución de las Administradoras Portuarias Integrales (API's), para descentralizar la administración de los puertos, procurar su autonomía de gestión, y para favorecer su autosuficiencia financiera.

Es conveniente aclarar que conforme a la ley, los bienes del recinto portuario (zonas de agua, infraestructura, terminales, instalaciones y áreas de tierra) son del dominio de la Federación, los que únicamente se consecionan para su uso, aprovechamiento y explotación.